有機食品的生產(chǎn)全過程、加工、包裝和運輸都必須使用有機生產(chǎn)方式，絕對不能使用化學農(nóng)藥、化肥、生長調(diào)節(jié)劑、抗生素、添加劑、防腐劑等人工合成的化學物質(zhì)，所以生產(chǎn)有機食品的能源雖然減少了，但是其他方面的成本也增加了。

1、人力成本

由于不能使用人工合成的肥料、農(nóng)藥、生長調(diào)節(jié)劑、除草劑、殺蟲劑，所以在有機食品生產(chǎn)過程中，耗費的人力也比較大。比如需要人工除草、人工施肥、甚至人工除蟲等。

2、時間成本

有機食品的生產(chǎn)周期長、產(chǎn)量沒有普通農(nóng)業(yè)高。因為有機食品嚴禁使用轉(zhuǎn)基因品種、化肥、生長調(diào)節(jié)劑、激妻等能有效縮短牛產(chǎn)時間的物質(zhì)，所以有機食品的單位產(chǎn)量比普通食品少得多。

3、認證成本

由于有機生產(chǎn)過程的嚴格要求，生產(chǎn)商需要建立全新的生產(chǎn)、監(jiān)控和追蹤體系，另外有機認證機構(gòu)在地塊、育種、生產(chǎn)資料、生產(chǎn)環(huán)境、成品檢測等生產(chǎn)全流程的檢測認證成本也比較高。

4、儲存和運輸成本

由于有機食品不能添加防腐劑、添加劑，因此對于儲存和運輸過程中的溫度、濕度、時間等要求也比較高。因此為了在儲存和運輸過程中，保持穩(wěn)定的冷藏和保鮮條件以及縮短運輸時間，其中的成本也比普通食品高很多。

5、市場需求增加

隨著生存環(huán)境越來越差，食物安全問題越來越多，人們對于健康問題也更重視，無化學殘留的有機食品更符合人們的健康訴求，因此市場上有機食品供不應求的現(xiàn)狀也給了很多商家操作價格的空間。

國內(nèi)目前的有機認證和有機市場體系還沒有很完善，所以有機食品現(xiàn)在出現(xiàn)虛高價格也算是正常現(xiàn)象。按照歐美比較成熟的有機產(chǎn)業(yè)發(fā)展模式來看，等到有機產(chǎn)業(yè)逐漸規(guī)模化、產(chǎn)業(yè)化之后，有機食品的成本也會相應下降。